Komisje Naukowe
Komisje Naukowe działające przy Oddziale PAN w Krakowie integrują środowisko naukowo-akademickie, włączając do pracy specjalistów różnych dziedzin. Są to na ogół reprezentanci uczelni i placówek naukowych regionu. Warto jednak zauważyć, że niektóre komisje mają skład ponadregionalny. Komisje są powoływane przez Prezydium Oddziału na czteroletnią kadencję. W obecnej kadencji przy Oddziale działa 27 komisji, w których pracuje ok. 1000 osób. Główną formą ich działania jest organizacja konferencji i sesji naukowych o zasięgu regionalnym lub krajowym z udziałem gości zagranicznych oraz działalność wydawnicza i ekspercka.
Nauki humanistyczne i społeczne
Komisja Archeologiczna
Komisja Historyczna
Komisja Historycznoliteracka
Komisja Językoznawstwa
Komisja Nauk Ekonomicznych i Statystyki
Komisja Nauk Organizacji i Zarządzania
Komisja Nauk Pedagogicznych
Komisja Nauk Prawnych
Komisja Psychologii
Komisja Orientalistyczna
Komisja Prasoznawcza