Od 2025 roku czasopismo wydawane jest w wersji drukowanej oraz elektronicznej w oparciu o Czytelnię Czasopism PAN Folia Medica Cracoviensia – PAS Journals. Ponadto pliki zgodnie z wymogami dla nowoczesnych wydawnictw są umieszczane w repozytorium Portico (projekt Ithaka). Czasopismo jest wydawane w formule Open Access (The Creative Commons Attribution 4.0 International – CC BY 4.0) – a jednocześnie nie pobiera żadnych opłat od Autorów, natomiast pełne teksty artykułów dostępne są bezpłatnie bezpośrednio ze strony bazy Pubmed oraz ze strony Czasopisma PAN (https://journals.pan.pl/fmc). Czasopismo systematycznie wdraża procedury zapewniające wysoki poziom etyczny, zgodnie ze standardami COPE (Committee on Publication Ethics). Folia Medica Cracoviensia znajduje się w Wykazie czasopism naukowych i recenzowanych materiałów z konferencji międzynarodowych MNiSW z liczbą punktów 70. Ponadto okazjonalnie w czasopiśmie ukazują się suplementy – zawierające materiały z Konferencji Doktorantów UJ oraz zjazdów Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego – Sekcji Kardiologii Eksperymentalnej.

Obecnie czasopismo wdraża system zarządzania czasopismem i pracami redakcyjnymi (OJS – Open Journal System) za pośrednictwem Polskiej Akademii Nauk. W tej chwili trwają prace wdrożeniowe oraz szkolenia. W drugiej połowie 2026 roku planowane jest przejście procesów submisji manuskryptów, recenzji, zabezpieczeń antyplagiatowych (iThenticate) i przygotowania do druku wszystkich prac nadsyłanych do redakcji na nową platformę OJS, co znacznie usprawni i przyspieszy procedowanie manuskryptów oraz spełni wysokie standardy i oczekiwania stawiane współcześnie czasopismom naukowym.